Bakgrunden till debatten är att man för några år sedan fann fåglar i avelsprogrammet som hade spår av bläsgåsgener. Någonstans har det alltså skett en korsning och man anser att de utplanterade gässen risker att ”förorena” de ursprungliga vilda bestånden med bläsgåsgener. Kritik framförs också mot det framgångsrika försöken att styra om vinterflyttningarna från Svarta havsområdet till övervintringsområden i Tyskland där överlevnaden är betydligt säkrare.
Det Svenska fjällgåsprojektet har drivits i 25 år och stammen i Norrbottensfjällen är nu uppe i närmare 100 individer med en produktion av ungefär 15 ungar per år. Nu riskerar alltså hela denna uppbyggnad att slås ut på grund av politiska beslut. En återuppbyggnad av avelsbesättingen ska ske med vildfångade ryska fjällgäss. Inga fler utsättningar kommer alltså att ske i Arjeplogsområdet. Däremot har Tyska biologer i ”operation fjällgås” fått tillstånd till utsättningar i Västerbotten under 2006. Där kommer man att ”lära ut” flygvägar med hjälp av ultralätta flygplan istället för den svenska modellen med vitkindade gäss som fosterföräldrar, också det en metod som har kritiskerats för att vara alltför artificiell.

Framtiden för de svenska fjällgässen är alltså idag mycket osäker, framtiden får utvisa om de klarar av både miljöproblem och krav från biologer vad gäller projekt med ändrade flyttvägar och synen på en eventuell uppblanding av bläsgås
i generna.